プラグインもしくはスクリプトを用いて、既存のイベントを動的に複製した時、
複製時のイベント情報の一つであるセルフスイッチの状態も引き継ぐ、あるいは、意図せずオンになってしまうということでしょうか。
どのような状況で生起する不具合なのか、詳しくわかりませんが、私の想像の範囲でお答えします。
対症療法になってしまいます。
以下のスクリプトでイベントのセルフスイッチを操作できますので、
イベントの複製処理に書き加えることでセルフスイッチをオフにすることが可能です。
$gameSelfSwitches.setValue([マップID, イベントID, "セルフスイッチA~D"]...