ver.1.0.1077です。
ヘルプによると永続変数は
>永続は、セーブゲームとは別でデータを保持します。これもどこででも使用できます。
とあり、自分の理解としてはセーブ・ロードによって影響は受けないのではないか、と思っています。
例えば、
永続変数No.1に「1」を入れる
<永続データを保存>コマンド
メッセージ1を表示
ここでSAVEから「ファイル1」にセーブ
永続変数に何が入ってるかを確認のためにメッセージで{PN:1}にて表示
「1」が表示される
永続変数No.1に「2」を入れる
<永続データを保存>コマンド
メッセージ2を表示
ここで「ファイル2」にセーブ...