新規プロジェクトにデータをお引越しさせるくらいしか道はなさそうですかね…
コピーするだけなので、やるだけやってみては。
インストールフォルダの nwjs-win-test 内にある game.exe を直接起動する、あるいはデプロイメント後にpackage.jsonを消してGame.exeを起動すると同じ画面を見ることができます。
テストプレイでその画面が出る、新規プロジェクトでは再現しないとなると、なにかファイルの構成かパーミッションが狂っているのではないかと思われます。
頑張って原因を特定するより、必要データを新規プロジェクトにコピーしてやるのが手っ取り早いと思います。
以下、半端な調査メモ
手元のWindows環境にてMV1.6.3で試したところ、テストプレイの起動時にpackage.jsonをMVインストールフォルダからコピーしてくるようでした。
インストールフォルダ側のpackage.jsonをリネームし、プロジェクトのpackage.jsonもリネームして見つからない状態にしたり、パーミッションを厳しくして読み取りを拒否した状態でテストプレイを開始しようとするとアラートが表示され、テストプレイのウィンドウが開きません。
何らかの原因で、package.jsonが読めないままテストプレイを起動しようとしてグレーのウィンドウが出ているものと思ったのですが、再現条件は謎ですね。
画面を見るに、nw0.29になっているので、MV本体のバージョンは1.6系であると思われます。
1.6.0~1.6.2のどこかに、package.jsonの読み取り可否を無視してテストプレイを起動しようとするバージョンがいたのかもしれませんが、アップデート告知からその辺りは読み取れませんでした。