あー。これ結構根が深いというか、問題ある仕様っぽいですね……。
結論から述べると手動で直すしかないと思われます。
推察も混じりますが原因を簡単に説明します。
・発生するのはVer1.10.0で追加されたサンプルマップ
・これらのサンプルマップは「新規プロジェクト>初期データ『ベーシック+マップセット」』で使われており、場所移動が予め設定されている。その初期データ内では整合性が取れている。
・イベントコマンド「場所移動」はマップ名ではなくMAPIDを指定する方式
・サンプルマップの「場所移動」コマンドのMAPID指定は「ベーシック+マップセット」前提の指定となっている。故に不整合がおきる。
例えば上記「ピラミッド」マップ上で、ピラミッドに入るイベントの場所移動指定はMAPID「167」にデフォルトでは指定されている。
MAPID「167」が「ピラミッド内部1」なら問題ないが、そのプロジェクトにおいてMAPID「167」は恐らく「廃墟の2F」。
・このサンプルマップを読み込む処理時、場所移動コマンドの遷移先MAPIDを自動で調整してくれるような機能はない(と思われる)
ツクールエディタ側にMAPIDを振り直す機能があれば簡単に解決できるのですが、残念ながら存在しません。
現状はイベントコマンドを1つずつ修正していくか、MapInfos.jsonとMap(ID).jsonを編集していくかの二択だと思います。