こんにちは。
>配布されているアイコン~描画される範囲が思い通りにいかなく
そのアイコン素材の大きさは32×32ピクセルでしょうか?
それ以上の大きさの画像を使う場合、32×32ピクセルに縮小するなどの手間が必要です。
使おうとしている画像の大きさを確認してみてください。
>TKoolImageTileEditorが起動出来ない
リンク先の記事や配布ページにほとんどのことが書かれていますが、以下の点は試されましたでしょうか?
今一度ご確認ください。
・正しいファイルをダウンロードしましたか?(Windowsなら tkite_windows.zip)
・zipファイルは解凍済みですか?
・起動手順は読みましたか?どこでつまづきましたか?
>この他にも何か方法
アイコンの画像はSystem/IconSet.pngに格納されています。
この IconSet.png を画像編集ソフトを使って直接編集し、画像素材を追加するのが最も確実です。
アルファチャンネル(透明度)を扱えるソフトならなんでもいいです、
GIMPなど。
リンク先にも書かれていますが、「PL_ImageConstructor」を使って画像同士を結合させる方法も有効です。
そちらも試してみてください。